Ngày cuối tháng 3/2020, JPA thực hiện chuyến bay cuối giữa Hà Nội - TPHCM trước khi tạm dừng hoạt động theo yêu cầu của Cục Hàng không Việt Nam về hạn chế các chuyến bay nội địa để phòng, chống dịch Covid-19.

Theo phân bổ của Cục Hàng không Việt Nam, từ ngày 1/4, các hãng hàng không sẽ chỉ được phép khai thác trên 3 đường bay (khứ hồi) là Hà Nội - TP.HCM, Hà Nội - Đà Nẵng và TP.HCM - Đà Nẵng. Cụ thể, đường bay Hà Nội - TP.HCM (và ngược lại) mỗi ngày sẽ có 2 chuyến bay; ngày lẻ do Bamboo Airways và Jetstar Pacific khai thác và ngày chẵn do Vietnam Airlines và Vietjet Air đảm nhận. Đường bay Hà Nội - Đà Nẵng và TP.HCM - Đà Nẵng sẽ do Vietnam Airlines và Vietjet khai thác đan xen.

Sau nhiều cuộc họp bàn cho đợt tái cơ cấu lần 3 của Jetstar Pacific Airlines kể từ khi thành lập, hai cổ đông lớn nhất là Vietnam Airlines (chiếm 68,85% vốn) và Qantas Asia Investment Company của Singapore (chiếm 30% vốn) ngày 15 tháng 6 năm 2020 tuyên bố thống nhất xúc tiến những thay đổi đối với hãng hàng không Jetstar Pacific nhằm cải thiện hoạt động sản xuất kinh doanh và khả năng lợi nhuận của hãng hàng không chi phí thấp này. Theo đó, Vietnam Airlines sẽ tiếp nhận 30% cổ phần của hãng hàng không Jetstar Pacific từ Tập đoàn Qantas để nắm giữ 98% của Jetstar Pacific. Tuy nhiên, việc Vietnam Airlines đàm phán mua lại 30% cổ phần mà Qantas nắm giữ tại Jetstar Pacific vẫn còn có các thủ tục cần Chính phủ giải quyết nên chưa xác định thời điểm hoàn thành. Sau khi Vietnam Airlines nắm 98% cổ phần Jetstar Pacific, Jetstar Pacific sẽ là một công ty độc lập hoàn toàn nhưng sẽ được Vietnam Airlines hỗ trợ để thành một phần không thể thiếu được trong chuỗi sản xuất kinh doanh của mình.[9]